Los parques nacionales y las reservas naturales suelen ser de propiedad estatal, aunque también hay organizaciones privadas, asociaciones benéficas o protectoras de animales, encargadas de su administración.

Uno de los problemas con los que se enfrentan en la actualidad muchos de los parques nacionales y las reservas naturales es la forma de hacer compatible el fin para el que fueron creados; es decir, la protección del entorno, con la de constituir un lugar de esparcimiento, ya que los visitantes, sin querer, pueden dañar el entorno y los ecosistemas. Para hacer frente a esta amenaza en algunos parques nacionales se ha prohibido el acceso al público, o bien se ha limitado el número de visitantes. En la mayoría de ellos se han construido caminos o carreteras y sólo es posible realizar visitas guiadas, como en los parques nacionales indios.

La declaración de una zona como parque nacional puede generar conflictos derivados de la explotación de los recursos naturales de la región, especialmente en lugares remotos, escasamente poblados y carentes de interés político. Estos lugares pueden ser atractivos, por ejemplo, para propósitos de entrenamiento militar. Otras áreas protegidas están amenazadas por los intereses creados en torno a la explotación minera o a su riqueza forestal. Las compañías eléctricas pueden estar interesadas en construir plantas hidroeléctricas o construir centrales nucleares en estos lugares. En algunos países también existe el riesgo de que las explotaciones agrícolas, los cazadores o las prospecciones mineras, que codician tierras deshabitadas o recursos naturales inexplorados, invadan las áreas protegidas. Como ejemplo de lo que puede ocurrir, en África los elefantes estuvieron en peligro de extinción durante las décadas de los años 1970 y 1980 como consecuencia de la caza ilegal. En el Parque nacional de la Amazonia (Brasil) ha habido frecuentes luchas entre los distintos grupos de indígenas y los agricultores y buscadores de minerales. En los parques donde están permitidos los trabajos de extracción de minerales, generación de energía eléctrica y otras actividades a gran escala, se ejerce un control continuo para minimizar los riesgos de contaminación y degradación del paisaje.

Pero donde la conservación de las áreas de especial belleza natural, herencia cultural o interés científico presenta mayor problema es en los países en vías de desarrollo, donde, a diferencia de lo que ocurre en los países desarrollados, los gobiernos y grupos de presión encuentran a menudo problemas para llevar adelante sus proyectos, que son muy costosos o impopulares. La UNESCO, el PNUMA (Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente) y la FAO (Organización de las Naciones Unidas para la agricultura y la alimentación) apoyan y financian los parques nacionales y reservas naturales que son Patrimonio de la Humanidad, tanto en los países desarrollados como en los países en vías de desarrollo. El crecimiento imparable de la actividad económica y de la población mundial lleva implícita la necesidad de crear y conservar nuevos parques nacionales y reservas naturales, tarea que cada vez entraña una mayor dificultad.